Jari Litmanen heeft een relatie met het estse model Ly jurgenson. Ze werd in 1998 verkozen tot Miss Estland en vertegenwoordigde haar land dat jaar ook op de miss world verkiezing. In 2005 werd hun eerste zoon geboren en in 2007 hun tweede.

Tijdens zijn voetbalcarrière is Litmanen nooit open geweest over zijn privéleven. Tijdens persconferenties legde hij altijd de nadruk op het voetbal wanneer er naar zijn privéleven werd gevraagd. Zelfs velen in zijn directe omgeving geven vaak toe Litmanen niet heel goed te kennen. Hij zorgt er echter zelf ook voor dat zijn persoonlijke aangelegenheden worden gescheiden van het voetbal. In de herfst van 1995 werd het enige boek over Litmanen tot nu toe geschreven door Hannu Teider, genaamd Kultakenkä (Gouden schoen).